La couleur de la propolis varie selon son origine botanique. C'est pourquoi on parle de propolis verte quand elle provient du Baccharis, de propolis rouge pour le Dalbergia, et de propolis brune ou noire quand elle est issue du peuplier. Chaque origine botanique produit des composés organiques spécifiques impliqués dans son mode de défense. Les propolis possèdent donc une composition chimique unique, avec un profil de polyphénols variable qui les caractérise.

Ces spécificités sont un réel atout pour l’utilisation des propolis. En fonction des recherches menées à leur sujet et de leur profil polyphénolique, il est possible de conseiller telle propolis pour telle indication. Il est même possible d'associer 2 propolis différentes. L'organisme profite alors d'une plus grande diversité de principes actifs, pour une efficacité renforcée.